В конце июня 1918 года в ответ на запрос Преосвященного Феофана, Епископа Соликамского, о местонахождении Архиепископа Андроника пермские чекисты, совершившие тайное убийство Архипастыря, заявили, что тот «за контрреволюционную деятельность выслан в Архангельскую губернию». Владыка Феофан немедленно сообщил об этом лукавом ответе членам Поместного Собора Православной Российской Церкви, проходившего в Москве. Делегация Высшего Управления Русской Православной Церкви для связей с большевистским правительством немедленно отправила в Совет Народных Комиссаров запрос о судьбе Архиепископа Андроника, на что впоследствии был получен тот же ответ.
В то же время Поместный Собор командировал в Пермь своих представителей – Архиепископа Василия и Алексея Даниловича Зверева – для расследования «обстоятельств ареста и исчезновения» Владыки Андроника.
Архиепископ Василий (Богоявленский) был давним другом Священномученика Андроника. Это был весьма деятельный Архипастырь, долгое время управлявший Черниговской Епархией и за свои монархические взгляды удаленный с кафедры по требованию революционных властей. В 1917 году он был назначен настоятелем Московского Заиконоспасского монастыря и вошел в Патриаршее управление при Патриархе Тихоне.
Алексей Данилович Зверев, крестьянин по происхождению, служил миссионером в Московской Епархии. Он был избран на Поместный Собор как выдающийся знаток миссионерского дела.
Владыка Василий и Алексей Данилович прибыли в Пермь 23 августа 1918 года и остановились в Архиерейском доме.
В это время в городе находился ректор Пермской Духовной семинарии архимандрит Матфей (Померанцев), также бывший членом Поместного Собора, но вернувшийся в Пермь по делам службы.
Архимандрит Матфей был ближайшим помощником Священномученика Андроника, с которым его роднили по духу не только бескомпромиссная приверженность канонам Церкви и верность Государю Императору, но и схожесть характера. Особенно ярко это проявилось в дни февральского переворота, когда после совещания высших начальствующих лиц города, проходившего в Архиерейском доме, о. Матфей дерзнул высказать пермскому вице-губернатору убеждение большинства присутствующих: «Если бы господа губернаторы покрепче расправлялись с крамольниками, у нас все было бы в порядке». На это вице-губернатор ответил: «А вы, отцы духовные, должно быть, плохо молились». О. архимандрит хотел было что-то возразить ему, но Владыка Андроник положил руку ему на плечо и сказал: «Помолчи, Матфей! Его Превосходительство правду говорит. Действительно, плохо мы молились».
Архимандрит Матфей был назначен на пост ректора Духовной семинарии зимой 1917 года и вскоре после этого был избран членом Поместного Собора от монашествующих Пермской Епархии. За активную деятельность он получил от соборян прозвище «любимчик Собора». О. архимандрит добился принятия Собором мер по искоренению большевизма среди клириков и православных мирян, решительно выступал против начавшегося обособления Украинской Церкви, высказывался за отлучение от Церкви тех, кто расхищает церковное достояние и убивает безвинных людей. Зимой 1918 года о. Матфей участвовал в расследовании убийства первого среди Архипастырей мученика, пострадавшего от рук безбожников, – Митрополита Киевского Владимира, и поднял вопрос о принятии Собором отдельного постановления по поводу жертв гонений со стороны большевиков.
Из выступления архимандрита Матфея на заседании Поместного Собора Православной Российской Церкви:
«Собор должен исполнить свой долг по отношению к лицам, которые ждут от него нравственной поддержки… Собор должен благословить исповедников за святое дело и изречь проклятие виновникам проливающейся крови… Получив сведения с мест о подвигах Архипастырей, пастырей и мирян, подвергшихся насилию со стороны людей, власть имеющих, Священный Собор выражает глубокое негодование насильникам Христовой Церкви, подвергает отлучению гонителей Церкви и просит органы Высшего Церковного Управления сделать соответствующее распоряжение о немедленном учреждении фонда на обеспечение семейств, лишившихся своих родителей, ставших на защиту Церкви Христовой».
Узнав, что в Пермь командирована Комиссия, призванная выяснить судьбу Архиепископа Андроника, архимандрит Матфей по собственному желанию и с благословения Святейшего Патриарха Тихона присоединился к расследованию убийства Владыки.
В течение нескольких дней члены Комиссии опрашивали пермское духовенство; несколько священнослужителей указали имена чекистов и красноармейцев, которые рассказывали о своем присутствии во время казни Архиепископа Андроника. В результате расследования удалось установить, что Владыка убит – и убит жестоко: живым закопан в землю. Вероятно, также удалось выяснить место его убиения и лиц, совершивших злодеяние. Собранные сведения были тщательно задокументированы и, чтобы их не обнаружили, вшиты в рогожу, которую вез с собой Преосвященный Василий.
В ночь на 27 августа 1918 года Архиепископ Василий, архимандрит Матфей и Алексей Данилович Зверев поездом выехали в Москву, чтобы предоставить результаты расследования Поместному Собору. Когда состав миновал Камский железнодорожный мост, находившиеся в поезде вместе с членами Комиссии чекисты, переодетые в форму железнодорожных служащих, вывели Владыку Василия, о. Матфея и Алексея Зверева из вагона и, сделав в них несколько выстрелов, закололи штыками, а тела закопали тут же, близ моста. Вещи убиенных солдаты поделили между собой, причем комиссар, среди прочего, забрал документы с результатами расследования.
Вечером 28 августа 1918 года чекисты, получившие приказ скрыть следы преступления, вернулись на место казни, вырыли тела мучеников из могилы и утопили их в Каме, а оставшиеся вещи сожгли.
Архиепископ Василий (Богоявленский), архимандрит Матфей (Померанцев) и Алексей Зверев были прославлены в лике Новомучеников и Исповедников Российских в 2000 году.