Будущий Святитель родился в 1797 году в селе Ангинском Иркутской губернии в семье пономаря Пророко-Ильинской церкви Евсевия Попова и при крещении получил имя Иоанн.
В 1806 году Иван Попов поступил в Иркутскую Духовную Семинарию. В 1814 году ее ректор решил переменить фамилии ученикам. Прежде всего изменены были неблагозвучные фамилии, затем наиболее употребляемые – чтобы не было путаницы. Так Иван Попов стал Вениаминовым, получив фамилию в честь умершего в том году уважаемого всеми Епископа Иркутского Вениамина (Багрянского).
В 1817 году, за год до окончания Семинарии, Иван Вениаминов вступил в брак и был рукоположен в сан диакона Иркутской Благовещенской церкви. Его священническая хиротония состоялась в 1821 году.
В начале 1823 года Иркутский Епископ Михаил (Бурдуков) получил предписание от Святейшего Синода послать священника на Алеутские острова (остров Уналашку), входившие тогда в состав русских владений, для просвещения светом Христовой веры тамошних инородцев. Однако, боясь дальности расстояния и суровых условий жизни, никто из духовенства ехать не хотел, кроме священника Иоанна Вениаминова.
Об Уналашке отец Иоанн слышал от выходца из тех мест Ивана Крюкова. О том, как появилось желание у отца Иоанна отправиться в столь далекое путешествие, он сам написал много лет спустя:
«Когда этот же выходец, Иван Крюков, уже простивший со мною совсем и на прощание все еще убеждавший меня ехать в Уналашку – в тот же самый день, при прощании своем с Преосвященным (у которого и мне случилось быть в то время), стал рассказывать об усердии алеутов к молитве и слушанию Слова Божия – то (да будет благословенно имя Господне!) я вдруг и, можно сказать, весь загорелся желанием ехать к таким людям. Живо помню и теперь, как я мучился нетерпением, ожидая минуты объявить мое желание преосвященному, и он точно удивился этому, но сказал только: посмотрим».
Всего он пробыл на Уналашке 10 лет. За это время им был построен храм (первый православный храм в Америке), создана азбука, переведены на алеутский язык Катехизис и Евангелие от Матфея, основана школа, христианство распространилось по всем Алеутским островам. Кроме того, он лично обучил столярному мастерству многих алеутов. Также отец Иоанн собрал песни алеутов, по своим наблюдениям за природными явлениями составил «Записку об островах Уналашкинского отдела». Хорошо изучив фауну острова, он даже давал ценные советы русским промышленникам относительно охоты на морских котиков, направленные к сохранению и умножению стада этих ценных животных.
В 1833 году священник Иоанн Вениаминов был переведен на остров Ситху, в Новоархангельск – административный центр русских владений в Северной Америке, для просвещения другого народа – колошей. Там он пробыл пять лет.
В 1840 году, овдовев, отец Иоанн, устроив детей в учебные заведения на казенное содержание, принял монашеский постриг с именем Иннокентий (в честь Святителя Иннокентия Иркутского).
В это время в Святейшем Синоде было принято решение об образовании новой Епархии, к которой были отнесены и Алеутские острова. Возник вопрос о назначении Архиерея на новое место. Императору Николаю I был представлен список из трех избранников, в числе которых был и архимандрит Иннокентий. Государь пожелал его видеть. Обласкав новопоставленного архимандрита, Государьсказал ему на прощанье: «Передайте Митрополиту, что я желаю, чтобы вы были назначены Архиереем новой епархии».
Хиротония отца Иннокентия во Епископа Камчатского, Курильского и Алеутского была совершена 15 декабря 1840 года в Казанском Соборе.
За время его управления было построено множество храмов и часовен, школ и училищ, Священное Писание было переведено на родные языки народов, проживавших на вверенной Владыке территории. За 27 лет управления обширной Епархией, куда входили часть Американского континента, Алеутские и Курильские острова, Камчатка, Якутия и Приамурье, он совершил три архипастырские поездки. Содействие Архиепископа Иннокентия присоединению Амура к России было оценено высоко: в его честь был назван город Благовещенск – в память начала его служения в Благовещенской церкви г. Иркутска.
В 1867 году скончался Архиепископ Иннокентий был назначен на древнюю Московскую кафедру. Следуя из Иркутска на свое новое место служения, 16 мая 1868 года он прибыл в Пермь и, ради праздника Пятидесятницы, решил задержаться в нашем городе. Остановился Владыка в Архиерейском доме.
19 мая, в день Святой Троицы, в Спасо-Преображенском Кафедральном Соборе, в сослужении Архиепископа Пермского Неофита (Соснина) и градо-Пермского духовенства, Митрополит Иннокентий совершил Божественную Литургию. После Литургии был отслужен благодарственный молебен по случаю рождения Великого Князя Николая Александровича, будущего Императора Николая II. В тот день Собор был переполнен молящимися, желавшими воочию увидеть «Апостола Америки и Сибири». Толпы народа пришли проститься с Высокопреосвященным Иннокентием и на следующий день, 20 мая, когда он уезжал из Перми.
Назначенный управлять Московской Епархией в возрасте более 70 лет, будучи удрученным болезнью, почти слепым, Митрополит Иннокентий, тем не менее, был преисполнен сил и рвения к деятельности. За новыми заботами он не забывал своего миссионерского призвания. С целью проповеди Евангелия на окраинах России им было учреждено Православное миссионерское общество. Открытое в Москве в январе 1870 года, оно встретило большое сочувствие во всех уголках России.
Высокопреосвященный Иннокентий, Митрополит Московский и Коломенский, скончался 31 марта 1879 года (13 апреля но н. ст.).
В 1977 году он был прославлен в лике Святителей Русской Православной Церкви.